L’evangelizzazione compiuta del territorio sarebbe comunque avvenuta per merito di un monaco egiziano, san Leucio, in fuga dalla sua patria per sfuggire alle persecuzioni poste in essere dagli ariani.
Il 674 i longobardi, muovendo da Benevento, conquistarono e distrussero Brindisi; nell’886 i Bizantini ripresero il controllo dell’area e affidarono al protospatario Lupo un primo tentativo di ricostruzione. Di fatto la città riprenderà vita solo nell’XI secolo allorché i normanni, interessati a espandersi nei Balcani, la resero, come in età romana, grande centro logistico. Si propongono nuovi punti di riferimento urbanistico quali la Cattedrale, il tempio del Santo Sepolcro, il complesso monastico di San Benedetto e si riatta, per volere del re Tancredi, il fonte grande romano sul tratto termonale della Traiana.